În IOSUD-UDJG studiile universitare de doctorat se desfășoară în cadrul a două şcoli doctorale pluridisciplinare:
Şcoala Doctorală de Inginerie și
Școala Doctorală de Științe socio-umane. Cele două școli doctorale reunesc colective de conducătorii de doctorat de la facultățile de inginerie și știinte exacte, respectiv de la facultățile cu profil economic și umanist.